スクラップド・プリンセス故事发生在一个类似欧洲中世界的“魔法武士世界”,这世界中的人们信奉“马鲁泽教”,视其教义为真理,而当中的“马鲁泽预言”更是从未虚假。在有记载的5000多次预言中,仅有二次失误,因此所有国民也都遵照预言行事。某次,《马鲁泽预言》指出皇后所诞下的双胞胎中的女孩(公主)要立刻杀掉,因为她是会令世界灭亡的猛毒,到她16岁生日时便是猛毒发作的世界末日。正因如此,双胞胎中的女孩便被扔落悬崖杀掉。但15年后,皇室却发觉那女孩竟仍然活著,而且被一对能力很高的姐弟 (义兄义姐) 保护着,由于那女孩快要到16岁,所以皇室展开了一连串的追杀。也因此,“废弃公主”帕希菲卡便开始了四处走难逃命的旅途……